L'Union européenne est le principal partenaire institutionnel du Forum européen de la Jeunesse. Les développements observés ces dix dernières années, notamment le lancement du Livre blanc de l'UE sur la Jeunesse en 2001, suivi de l'introduction de la Méthode ouverte de Coordination dans le domaine de la jeunesse et l'adoption d'un Pacte européen pour la Jeunesse en 2005 dans le cadre de la Stratégie de Lisbonne ont augmenté l'importance de l'Union européenne pour le domaine de la jeunesse.

Le Forum européen de la Jeunesse est un partenaire reconnu de divers organes et institutions de l'Union européenne et il se voit allouer un financement général pour ses activités via le budget général de l'Union européenne. Le Forum européen de la Jeunesse est le principal interlocuteur de la Commission européenne dans le domaine de la jeunesse au niveau européen.

Cependant, le Forum européen de la Jeunesse coopère également avec d'autres institutions et organes de l'UE. Il promeut activement ses politiques auprès du Parlement européen et du Conseil de l'Union européenne, et il assure la liaison avec le Comité économique et social européen et avec le Comité des Régions. 

Dans un esprit d'approche intersectorielle de la politique jeunesse, le Forum européen de la Jeunesse suit le travail des institutions européennes dans tous les domaines politiques qui concernent les jeunes. Cela signifie qu'en plus des politiques et programmes qui visent spécifiquement le domaine de la jeunesse, le YFJ contribue à d'autres domaines pertinents tels que l'emploi, l'égalité, les affaires sociales, l'éducation, la santé, le développement durable, etc.